Storia Fu costruita dal 1506 al 1512 dal giovane Peruzzi per il ricchissimo banchiere senese Agostino Chigi, grande mecenate e personaggio di spicco nella Roma di inizio Cinquecento, che aveva accumulato una grande fortuna dai proventi della vendita dell?allume della Tolfa e che godeva della protezione di papa Giulio II prima, e Leone X poi[1]. La Farnesina, che all'epoca era detta semplicemente villa Chigi, fu la prima villa nobiliare suburbana di Roma ed ebbe fin dall'inizio un grande risalto, venendo presto citata e imitata. Gli interventi architettonici, sebbene potevano dirsi conclusi nel 1512, si protrassero per altri lavori fino al 1520[2].
Con la morte del Chigi, nel 1520, la villa decadde e venne depauperata degli arredi e delle opere d'arte. Nel 1580 fu acquistata dal cardinale Alessandro Farnese ed ebbe così il nome attuale. A tale periodo risale un progetto, non realizzato, per collegare, con un passaggio coperto, Palazzo Farnese con la Farnesina. Nel 1714 divenne di proprietà dei Borbone di Napoli e nel 1864 vi si insediò l'ambasciatore Bermudez de Castro, che, due anni dopo, promosse una serie di pesanti restauri. Nel 1884 l'apertura del Lungotevere comportò la distruzione di una parte dei giardini e della loggia sul fiume, che forse era stata disegnata da Raffaello[2].
Dal 1927 appartiene allo Stato italiano, che l'ha fatta restaurare nel 1929-1942 per destinarla all'Accademia d'Italia ed a più riprese nel 1969-1983. Oggi è utilizzata dall'Accademia dei Lincei come sede di rappresentanza e ospita, al primo piano, il Gabinetto nazionale delle stampe.