Il centro della Domus Flavia era un grandissimo peristilio rettangolare circondato da un portico di colonne in marmo della Numidia, delle quali si possono vedere resti delle basi, dei fusti e dei capitelli. Il centro del peristilio era decorato da una grande fontana ottagonale, con bassi muretti che disegnavano una sorta di labirinto: quello che si vede oggi è in larga parte frutto del restauro moderno, fedele però all'aspetto antico.

Sul grande cortile porticato a due ordini si affacciavano sui lati est e ovest una serie di sale triclinari. Lungo il lato ovest il primo ambiente che si incontra è l'aula ottagonale, affiancata a nord e sud da due ambienti più grandi dalla pianta mistilinea (formata da segmenti rettilinei e curvi) molto articolata. Proseguendo a nord si arrivava a un criptoportico che portava all'analoga struttura del corridoio neroniano, confinante con la Domus Tiberiana.

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