Fu voluta da Papa Clemente VIII Aldobrandini. L'architetto idraulico Giovanni Fontana mise la fontana nel ninfeo della villa del cardinale Ippolito d'Este, che era in questo punto del colle Quirinale prima della costruzione del Palazzo pontificio. L'organo fu sostituito all'inizio del Settecento da Papa Clemente XI Albani e più volte restaurato. La fontana univa l'effetto musicale a un effetto ludico. Infatti era possibile azionare a sorpresa dei giochi d'acqua.

La fontana è di grande effetto scenografico. Sul fondo di una vastissima nicchia decorata con stucchi e mosaici con raffigurazioni sacre e profane c'è un organo idraulico. Esso funziona con un tamburo dentato che viene messo in moto dalla pressione dell'acqua. Il tamburo aziona i tasti dello strumento riproducendo una melodia prefissata, con un meccanismo analogo a quello dei "carillon". Ai lati della nicchia ci sono due ambienti loggiati, ornati con statue. Davanti alla nicchia c'è un'ampia scalinata, che è in parte utilizzata come cascata d'acqua.

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