Il cimitero sotterraneo, chiamato di San Sebastiano solo con l'Alto Medioevo, era inizialmente denominato in memoria apostolorum (dal III secolo), toponimo legato alla presenza nella catacomba, per un certo periodo, delle reliquie degli apostoli Pietro e Paolo. La Depositio martyrum (metà del IV secolo), alla data del 29 giugno, parla infatti della ricorrenza di Pietro in catacumbas e di Paolo sulla via Ostiense. Il Martirologio Geronimiano (V secolo) ricorda, alla stessa data, la ricorrenza di Pietro in Vaticano, di Paolo sull'Ostiense e utrumque in catacumbas, Tusco et Basso consulibus (all'epoca dei consoli Tusco e Basso, cioè nel 258).

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