Il nome della catacomba deriva da quello della vergine e martire sant'Agnese, l'unica martire ricordata dai documenti antichi sepolta in questa catacomba. Incerta è la data del suo martirio, che risale ad una delle persecuzioni contro i cristiani del III secolo, in particolare quelle ordinate da Decio (249-251), Valeriano (257-260) o Diocleziano (303-305).

La testimonianza letteraria più antica è quella della Depositio martyrum (prima metà del IV secolo): in esso si afferma che il suo dies natalis (ossia il giorno della sua morte) è il 21 gennaio, e che fu sepolta nel cimitero sulla Nomentana, che la Depositio già intitola a lei. Queste informazioni sono ripetute nel carme di papa Damaso I (366-384) scolpito su lastra di marmo dal suo calligrafo Furio Dionisio Filocalo: questa lastra, reimpiegata come lastra di pavimentazione e scoperta per caso, è oggi collocata nel nartece della basilica di Sant'Agnese fuori le mura. Altre testimonianze autorevoli sulla vita della martire Agnese ci provengono dagli scritti di alcuni Padri della Chiesa: il De virginibus e l'inno Agnes beatae virginis di Ambrogio di Milano, e il Peristephanon di Prudenzio. Del V secolo è la Passio sanctae Agnetis, che fonde le testimonianze precedenti in un tentativo dossologico e agiografico.

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