La nascita di queste gallerie risale agli anni Trenta, quando Mussolini decise di trovare un luogo che non fosse troppo lontano da Roma (circa 44 chilometri) da utilizzare come rifugio antiaereoper le più alte cariche del Governo d'Italia e del Regio Esercito in particolare. Inizialmente queste gallerie dovevano sembrare delle fabbriche per armi della Breda e ufficiosamente venivano denominate le "Officine Protette del Duce.
I lavori di scavo, iniziati nell'autunno del 1937, furono svolti dalla ditta Giovanni Perucchetti sotto la direzione del Genio militare di Roma, e la lunghezza totale del lotto effettivamente realizzato fu di oltre 4 chilometri, mentre il progetto avrebbe dovuto comprendere ulteriori quattro lotti per un totale di 14 chilometri. Altre ditte, come la "Tudini & Talenti" e la "S.I.C.A. - Società Italiana Costruzioni Antigas" di Torino, si occuparono rispettivamente dei lavori di impermeabilizzazione e realizzazione degli infissi ed impianti speciali. L'intera opera di scavo, protezione e rivestimento in cemento armato delle gallerie venne realizzata in un arco di tempo di soli quattro anni e mezzo.
A livello locale, la popolazione vide favorevolmente questi lavori, che comportarono un notevole slancio economico-industriale per il territorio. Nonostante ciò, la maggior parte dei lavoratori venivano da altri centri, soprattutto dal nord Italia, in quanto maggiormente specializzati. I lavori di scavo nelle gallerie era organizzato su tre turni di lavoro di 8 ore ciascuno, a partire dalle 6 di mattina. Gli scavi si protraevano, quindi, per tutta la giornata. Gli operai addetti ai lavori venivano ripartiti tra quelli che curavano l'avanzamento dello scavo (mediante l'uso di mine), quelli adibiti al trasporto del materiale e quelli addetti ai servizi. Durante i lavori molti furono i feriti, e si ebbe anche un morto, Benedetto Giacomini, deceduto all'esterno dell'area durante un incidente con un carrello di trasporto il 27 febbraio 1940
Oltre allo scavo delle gallerie, bisognava costruire anche nuove infrastrutture stradali adeguate; furono progettate due vie d'accesso: una da nord e una da sud, di cui solo la seconda fu completata prima dello scoppio della guerra.
La struttura ipogea era pressoché ultimata, così come gli impianti di sicurezza e gli infissi interni risultavano installati, già nella seconda metà del 1943.
L'opera in caverna si estende per una superficie di oltre 25.000 m² calpestabili e carrabili.
Il volume di escavazione, ad oggi rilevabile, ha interessato circa 300.000 mc di roccia.
Il perimetro protetto, che venne individuato durante le opere di escavazione, aveva una estensione di 60 ettari, poi ridotti nel dopoguerra ai 44 ettari ancora oggi ben delimitati.

Occupazione nazista
Nel settembre 1943, quando la Germania nazista invase il territorio italiano con l'Operazione Achse, queste gallerie furono occupate dalla Wehrmacht precedentemente alloggiato a Frascati, sotto la guida del Feldmaresciallo Albert Kesselring che decise di insediare qui la sede del comando supremo delle forze di occupazione tedesche, Oberkommando der Wehrmacht - Heeresgruppe C, nel dettaglio Oberbefehlshaber Süd. Qui rimasero per circa 10 mesi, potendo trarre vantaggio dal fatto che queste gallerie erano un perfetto rifugio antiaereo. Ne dettero prova il 12 maggio 1944, quando due stormi di B-17 Flying Fortress partirono da Foggia - Base di Tortorella per abbattere le gallerie e colpire le truppe tedesche che vi si nascondevano. Nonostante il massiccio bombardamento, operato con tecniche particolarmente distruttive e che hanno lasciato segni ben visibili ancora oggi sul Soratte, le gallerie subirono dei danneggiamenti parziali in aree anche vaste ma per lo più prossime agli ingressi esterni, mentre l'intero complesso ipogeo più in profondità ha perfettamente resistito sia a livello strutturale sia impiantistico garantendo la sopravvivenza alla maggior parte dei soldati tedeschi che vi trovarono rifugio.
Di fatto, questo fu l'unico periodo in cui l'intera struttura venne effettivamente utilizzata e facendo riferimento ai documenti trasmessi e ricevuti il bunker fu attivo come Oberkommando der Wehrmacht (il Comando Supremo del Sud Europa della Wehrmacht) dal 13 settembre 1943 al 3 giugno 1944.
Prima di abbandonare le gallerie, il Feldmaresciallo Kesselring ordinò di minare ed incendiare la struttura, ma anche in questo caso i danni alle strutture furono relativi. Una leggenda vuole che all'interno delle gallerie, lo stesso Feldmaresciallo fece nascondere una parte delle casse contenenti i lingotti dell'oro della Banca d'Italia stimata in circa 72 tonnellate ma, nonostante le numerose ricerche da parte di privati e da parte dell'Esercito Italiano, mai se ne trovò traccia.
Nel dopoguerra
Dopo la fine della guerra, dal 1952 al 1962, le gallerie furono nuovamente utilizzate dall'Esercito Italiano come polveriera per l'artiglieria a guardia della polveriera si trovava una guarnigione dei Granatieri di Sardegna.
Più volte tra il 1947 ed il 1959 si verificarono alcuni incidenti al di fuori delle gallerie, le cui cause sono rimaste ignote; si è ipotizzato ad esempio il tentativo, da parte di alcuni sovversivi, di far esplodere la struttura o di depredare il deposito di armi. Si ritenne che la polveriera venne trasferita altrove anche per la difficoltà di controllo di assalti del genere mentre, in realtà, il Governo Italiano aveva già individuato nel sito del Soratte, a metà degli anni '60, la possibilità i realizzare una struttura per la sicurezza nazionale utile in caso di attacco nucleare sulla capitale.
La polveriera ha occupato circa la metà del complesso ipogeo per un decennio e, per ovviare alla umidità naturale dell'ambiente che penetrava le volte in cemento armato venne realizzato una volta secondaria in lastre di cemento-amianto.
I complessi lavori di bonifica dell'intero sito ipogeo occupati dalla polveriera del monte Soratte sono stati ultimati nel 2013.

Il periodo della guerra fredda
Le gallerie conobbero una nuova vita durante la guerra fredda: nel 1963 la Presidenza del Consiglio dei ministri, sotto l'egida della NATO, decise di riutilizzare il sito, trasformandolo in bunker anti-atomico per poche "persone con alti compiti di governo": nasce il complesso che avrebbe dovuto garantire il governo della nazione in caso di attacco nucleare su Roma.
Il complesso antiatomico, posto nel "cuore" dell'opera in caverna, si estende per 1,3 chilometri calpestabili su tre piani e si sviluppa su un volume di oltre 35.000 mc ad una profondità di almeno 250 m, fino a raggiungere i 315 m. Le volte in cemento armato degli anni '40 realizzate negli ambiti più profondi scelti per ospitare il sito antiatomico, vengono ulteriormente rinforzate mediante l'edificazione di una ulteriore camicia di cemento armato a resistenza migliorata di spessore pari a 60 cm, che presenta una schermatura dai neutroni ad alta energia grazie all'inserimento di uno strato flessibile di polietene borato.
Il prototipo strutturale di tale bunker viene descritto come modello nei quaderni tecnici dell'AIEA "per il mantenimento a lungo termine di persone, oggetti e documenti utili al mantenimento del Governo d'Italia in caso di devastazione generalizzata".
Il progetto generale fu curato da ingegneri italiani e tedeschi; i lavori iniziarono nel 1967 e furono eseguiti dall'impresa Grassetto del Gruppo Gavio; protrattisi fino al 1972, vennero successivamente collaudati a livello strutturale ma in parte non vennero portati a completamento, probabilmente anche per garantire l'ultima accessibilità carrabile in un ambito che sarebbe risultato utile per la fornitura definitiva di impianti e divisori.
Il sito è stato oggetto di ulteriori progetti da parte del Governo Italiano sia nei primi anni ottanta sia in un recente passato prima della definitiva riduzione ad usi civili.
L'impianto strutturale presenta notevoli spunti d'interesse quali i diaframmi di protezione in cemento armato gettato a piè d'opera di spessori variabili dai 10,50 m fino a raggiungere ilo spessore di oltre 20 m di diaframma negli ambiti delle blast-door di ingresso dall'esterno.
Decisamente all'avanguardia, per gli anni '60, l'installazione di oltre 2500 isolatori sismici in acciaio e neoprene che avrebbero garantito la dissipazione dell'energia di un sisma provocato da un impatto nucleare di prossimità, lasciando libere le gallerie di muoversi e non trasmettendo alcun effetto agli ambienti interni.
Dal 1989 il complesso, benché collaudato a livello strutturale, venne di fatto abbandonato e ad oggi è rimasto intatto come all'epoca, anche in virtù della presenza di un servizio di sorveglianza armata attivo fino al 2008.

Dismissione e recupero
L'area è stata oggetto di una duplice dismissione da parte del Demanio della Difesa: nel 2001 fu dismesso il percorso esterno e le caserme, nel 2007 venne dismessa la parte ipogea. Fino al 2005 la popolazione locale fu ignara della effettiva presenza del bunker anti-atomico all'interno del complesso di gallerie e benché molta fu la manovalanza locale utilizzata per la trasformazione, la vera funzione dei lavori e destinazione degli spazi ipogei non fu mai ufficialmente chiarita, peraltro neanche alle stesse imprese che vi operarono.
Il comune di Sant'Oreste, grazie anche a finanziamenti della Comunità Europea, ha avviato dal 2003 i lavori di recupero di tutta l'area attraverso il progetto "Percorso della Memoria" per farne un luogo museale che dimostri la straordinaria ed unica sovrapposizione di strutture della seconda guerra mondiale e della guerra fredda in Italia
Dal 21 maggio 2013, presso una delle gallerie edificate durante gli anni '30, è stata installata dall'Istituto Nazionale di Geofisica e Vulcanologia, una stazione di sismica integrata nella rete nazionale di rilevamento sismico di ultima generazione denominata SRES.

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